Il était une fois un arbre géant qui était la source de mana du monde. Malheureusement , l'arbre dépérit en temps de guerre et un héros fut sacrifié pour prendre sa place. Mortifiée par cette perte, la déesse Martel disparut dans les cieux et s'adressa aux Anges : " Réveillez-moi car si je dors, le monde ne trouvera point de salut". Les Anges choisirent l'Elu qui se mit en route vers la Tour du Salut dont le sommet atteignait les cieux. C'est ce qui marqua le début de la régénération du monde.

Un monde en plein déclin, Sylvarant, et un monde où l'essence vitale, le "Mana", se fait rare. Colette Brunel est l'Élue, la personne chargée de "Régénérer le Monde", c'est-à-dire de réveiller la Déesse Martel afin que le "Mana" soit plus abondant à Sylvarant, et afin d'enfermer les "Désians", association de Demi-Elfes détestés de tous. Aidée de Lloyd, son ami d'enfance, de Génis, l'ami de ce dernier, de Kratos, un mercenaire de passage et de Raine qui est à la fois la grande sœur de Génis et la maîtresse d'école de leur village natal, Colette va devoir parcourir le monde, briser les sceaux des élémentaires endormis, et ressusciter la Déesse.

Le jeu est parsemé de "skits" ou "saynètes", petites scènes facultatives où les visages fixes des personnages discutent, afin d'approfondir le scénario, ou simplement de donner lieu à des scènes comiques.